НДФЛ с доходов работников обособленного подразделения перечисляются по месту учета этого подразделения
Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 7 августа 2012 г. N 03-04-06/3-222 О представлении сведений о доходах физических лиц - работников обособленного подразделения